Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Peggle ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Peggle ondersteunt zijn .PEG. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Peggle op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Peggle.
Peggle kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Peggle en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Peggle.