Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. PC-Doctor ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die PC-Doctor ondersteunt zijn .USG. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in PC-Doctor op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door PC-Doctor.
PC-Doctor kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via PC-Doctor en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door PC-Doctor.