Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. PAQ6 ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die PAQ6 ondersteunt zijn .PAQ6. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in PAQ6 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door PAQ6.
PAQ6 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via PAQ6 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door PAQ6.