Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Panda Antivirus Pro ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Panda Antivirus Pro ondersteunt zijn .PAV. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Panda Antivirus Pro op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Panda Antivirus Pro.
Panda Antivirus Pro kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Panda Antivirus Pro en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Panda Antivirus Pro.