Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Packet Tracer ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Packet Tracer ondersteunt zijn .PKT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Packet Tracer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Packet Tracer.
Packet Tracer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Packet Tracer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Packet Tracer.