Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. OMR Reader ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die OMR Reader ondersteunt zijn .OMR. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in OMR Reader op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door OMR Reader.
OMR Reader kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via OMR Reader en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door OMR Reader.