Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Omniscope Desktop ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Omniscope Desktop ondersteunt zijn .IOK. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Omniscope Desktop op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Omniscope Desktop.
Omniscope Desktop kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Omniscope Desktop en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Omniscope Desktop.