Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. OM2 OMALI Professional ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die OM2 OMALI Professional ondersteunt zijn .NE3. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in OM2 OMALI Professional op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door OM2 OMALI Professional.
OM2 OMALI Professional kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via OM2 OMALI Professional en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door OM2 OMALI Professional.