Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Notation Musician ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Notation Musician ondersteunt zijn .NOT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Notation Musician op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Notation Musician.
Notation Musician kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Notation Musician en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Notation Musician.