Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Nexus Mod Manager ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Nexus Mod Manager ondersteunt zijn .FOMOD. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Nexus Mod Manager op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Nexus Mod Manager.
Nexus Mod Manager kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Nexus Mod Manager en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Nexus Mod Manager.