Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. NeutrinoSX2 ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die NeutrinoSX2 ondersteunt zijn .ELF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in NeutrinoSX2 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door NeutrinoSX2.
NeutrinoSX2 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via NeutrinoSX2 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door NeutrinoSX2.