Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Neural Science ANNI ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Neural Science ANNI ondersteunt zijn .NNP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Neural Science ANNI op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Neural Science ANNI.
Neural Science ANNI kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Neural Science ANNI en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Neural Science ANNI.