Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. NetCOBOL ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die NetCOBOL ondersteunt zijn .CBL. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in NetCOBOL op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door NetCOBOL.
NetCOBOL kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via NetCOBOL en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door NetCOBOL.