Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Nestopia ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Nestopia ondersteunt zijn .NES. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Nestopia op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Nestopia.
Nestopia kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Nestopia en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Nestopia.