Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Nero BackItUp ondersteunt minimaal 6 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Nero BackItUp ondersteunt zijn .NCO. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Nero BackItUp op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Nero BackItUp.
Nero BackItUp kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Nero BackItUp en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Nero BackItUp.