Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Nemu64 ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Nemu64 ondersteunt zijn .Z64. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Nemu64 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Nemu64.
Nemu64 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Nemu64 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Nemu64.