Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Nek5000 ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Nek5000 ondersteunt zijn .RE2. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Nek5000 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Nek5000.
Nek5000 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Nek5000 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Nek5000.