Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Nautilus-Flac-Converter ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Nautilus-Flac-Converter ondersteunt zijn .FLAC. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Nautilus-Flac-Converter op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Nautilus-Flac-Converter.
Nautilus-Flac-Converter kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Nautilus-Flac-Converter en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Nautilus-Flac-Converter.