Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. N64oid ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die N64oid ondersteunt zijn .Z64. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in N64oid op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door N64oid.
N64oid kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via N64oid en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door N64oid.