Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Myst 10th Anniversary Collection ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Myst 10th Anniversary Collection ondersteunt zijn .M3S. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Myst 10th Anniversary Collection op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Myst 10th Anniversary Collection.
Myst 10th Anniversary Collection kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Myst 10th Anniversary Collection en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Myst 10th Anniversary Collection.