Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. MySQL Workbench ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die MySQL Workbench ondersteunt zijn .MWB. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in MySQL Workbench op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door MySQL Workbench.
MySQL Workbench kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via MySQL Workbench en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door MySQL Workbench.