Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. MySQL Enterprise Edition ondersteunt minimaal 7 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die MySQL Enterprise Edition ondersteunt zijn .FRM. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in MySQL Enterprise Edition op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door MySQL Enterprise Edition.
MySQL Enterprise Edition kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via MySQL Enterprise Edition en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door MySQL Enterprise Edition.