Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. My3D Tools ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die My3D Tools ondersteunt zijn .MY3D. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in My3D Tools op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door My3D Tools.
My3D Tools kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via My3D Tools en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door My3D Tools.