Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. My Notes Keeper ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die My Notes Keeper ondersteunt zijn .MNK. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in My Notes Keeper op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door My Notes Keeper.
My Notes Keeper kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via My Notes Keeper en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door My Notes Keeper.