Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Musicnotes Viewer ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Musicnotes Viewer ondersteunt zijn .MTD. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Musicnotes Viewer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Musicnotes Viewer.
Musicnotes Viewer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Musicnotes Viewer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Musicnotes Viewer.