Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Musicnotes Player ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Musicnotes Player ondersteunt zijn .MTD. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Musicnotes Player op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Musicnotes Player.
Musicnotes Player kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Musicnotes Player en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Musicnotes Player.