Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Music Publisher ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Music Publisher ondersteunt zijn .MUP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Music Publisher op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Music Publisher.
Music Publisher kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Music Publisher en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Music Publisher.