Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Mupen64 ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Mupen64 ondersteunt zijn .Z64. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Mupen64 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Mupen64.
Mupen64 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Mupen64 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Mupen64.