Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Multimedia Fusion Developer ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Multimedia Fusion Developer ondersteunt zijn .MFA. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Multimedia Fusion Developer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Multimedia Fusion Developer.
Multimedia Fusion Developer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Multimedia Fusion Developer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Multimedia Fusion Developer.