Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Multi-Edit ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Multi-Edit ondersteunt zijn .S. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Multi-Edit op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Multi-Edit.
Multi-Edit kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Multi-Edit en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Multi-Edit.