Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. multi-aff-py ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die multi-aff-py ondersteunt zijn .CEL. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in multi-aff-py op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door multi-aff-py.
multi-aff-py kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via multi-aff-py en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door multi-aff-py.