Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. MTG Studio ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die MTG Studio ondersteunt zijn .DEK. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in MTG Studio op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door MTG Studio.
MTG Studio kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via MTG Studio en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door MTG Studio.