Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. MPEG Streamclip ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die MPEG Streamclip ondersteunt zijn .REC. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in MPEG Streamclip op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door MPEG Streamclip.
MPEG Streamclip kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via MPEG Streamclip en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door MPEG Streamclip.