Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. MP3 Automagic CD Cover Creator ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die MP3 Automagic CD Cover Creator ondersteunt zijn .CLBX. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in MP3 Automagic CD Cover Creator op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door MP3 Automagic CD Cover Creator.
MP3 Automagic CD Cover Creator kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via MP3 Automagic CD Cover Creator en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door MP3 Automagic CD Cover Creator.