Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. MotoPallet EG ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die MotoPallet EG ondersteunt zijn .JBI. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in MotoPallet EG op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door MotoPallet EG.
MotoPallet EG kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via MotoPallet EG en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door MotoPallet EG.