Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. MODPlug Player ondersteunt minimaal 6 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die MODPlug Player ondersteunt zijn .MOD. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in MODPlug Player op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door MODPlug Player.
MODPlug Player kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via MODPlug Player en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door MODPlug Player.