Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Model Builder ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Model Builder ondersteunt zijn .MB4. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Model Builder op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Model Builder.
Model Builder kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Model Builder en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Model Builder.