Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. MOD4Win ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die MOD4Win ondersteunt zijn .MOD. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in MOD4Win op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door MOD4Win.
MOD4Win kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via MOD4Win en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door MOD4Win.