Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Mod Studio ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Mod Studio ondersteunt zijn .SGA. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Mod Studio op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Mod Studio.
Mod Studio kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Mod Studio en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Mod Studio.