Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Mobipocket Reader Desktop ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Mobipocket Reader Desktop ondersteunt zijn .AZW. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Mobipocket Reader Desktop op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Mobipocket Reader Desktop.
Mobipocket Reader Desktop kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Mobipocket Reader Desktop en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Mobipocket Reader Desktop.