Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Mobiiko miinoto ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Mobiiko miinoto ondersteunt zijn .MXG. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Mobiiko miinoto op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Mobiiko miinoto.
Mobiiko miinoto kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Mobiiko miinoto en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Mobiiko miinoto.