Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. MKVExtractGUI-2 ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die MKVExtractGUI-2 ondersteunt zijn .MKV3D. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in MKVExtractGUI-2 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door MKVExtractGUI-2.
MKVExtractGUI-2 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via MKVExtractGUI-2 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door MKVExtractGUI-2.