Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. MikuMikuDance ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die MikuMikuDance ondersteunt zijn .VSQ. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in MikuMikuDance op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door MikuMikuDance.
MikuMikuDance kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via MikuMikuDance en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door MikuMikuDance.