Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Microsoft Remote Desktop Connection ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Microsoft Remote Desktop Connection ondersteunt zijn .RDP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Microsoft Remote Desktop Connection op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Microsoft Remote Desktop Connection.
Microsoft Remote Desktop Connection kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Microsoft Remote Desktop Connection en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Microsoft Remote Desktop Connection.