Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Microsoft Flight Simulator X ondersteunt minimaal 5 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Microsoft Flight Simulator X ondersteunt zijn .SPB. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Microsoft Flight Simulator X op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Microsoft Flight Simulator X.
Microsoft Flight Simulator X kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Microsoft Flight Simulator X en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Microsoft Flight Simulator X.