Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Microsoft Flight Simulator 98 ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Microsoft Flight Simulator 98 ondersteunt zijn .MDL. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Microsoft Flight Simulator 98 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Microsoft Flight Simulator 98.
Microsoft Flight Simulator 98 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Microsoft Flight Simulator 98 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Microsoft Flight Simulator 98.