Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Microsoft Expression Encoder ondersteunt minimaal 12 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Microsoft Expression Encoder ondersteunt zijn .MPG. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Microsoft Expression Encoder op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Microsoft Expression Encoder.
Microsoft Expression Encoder kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Microsoft Expression Encoder en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Microsoft Expression Encoder.