Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Microsoft Certificate Manager ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Microsoft Certificate Manager ondersteunt zijn .P7C. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Microsoft Certificate Manager op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Microsoft Certificate Manager.
Microsoft Certificate Manager kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Microsoft Certificate Manager en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Microsoft Certificate Manager.