Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Microsoft BizTalk Server ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Microsoft BizTalk Server ondersteunt zijn .XDR. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Microsoft BizTalk Server op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Microsoft BizTalk Server.
Microsoft BizTalk Server kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Microsoft BizTalk Server en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Microsoft BizTalk Server.