Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Microsoft Autoroute ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Microsoft Autoroute ondersteunt zijn .AEU. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Microsoft Autoroute op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Microsoft Autoroute.
Microsoft Autoroute kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Microsoft Autoroute en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Microsoft Autoroute.